Pygmy hogs

Tijdens mijn Master opleiding heb ik onderzoek gedaan naar het DNA van dwergzwijntjes, ook wel 'pygmy hogs'. Dit was bij uitstek hèt project waarbij ik verliefd werd op DNA onderzoek.

Voor het project deed ik onderzoek naar de totale DNA code, ook wel het 'genoom', van zes dwergzwijntjes (Porcula salvania). Ik noem ze het liefst bij  de Engelse naam: pygmy hog. De pygmy hog is de kleinste zwijnensoort ter wereld. Het is ook nog eens de meest bedreigde soort! Pygmy hogs komen alleen op een paar plekken in India voor en zijn zeer afhankelijk van de 'terai' graslanden. Daarin groeien grassoorten die soms wel een hoogte van acht meter bereiken!

Van de pygmy hogs waarvan ik het DNA onderzocht, kwamen er drie uit het wild. De andere drie kwamen van het 'Pygmy Hog Conservation Programme', een fokprogramma gericht op het houden en fokken van deze soort in gevangenschap om de dieren vervolgens uit te kunnen zetten in het wild. Ik had ook data van 32 andere genomen van in totaal negen andere soorten, zoals het penseelzwijn uit Afrika, het Javaanse wrattenzwijn uit Azië, en het everzwijn, die ook in Nederland voorkomt. Zo konden mijn collega's en ik bevindingen vergelijken: comparative genomics, heet dat ook wel.

Ik onderzocht de genetische diversiteit door de hele code na te lezen met behulp van supercomputers. Omdat ik met hele genomen moest werken, had ik die sterke computers ook écht nodig: een genoom open je niet zomaar even in Microsoft Excel! Ik leerde daarom een hoop over bio-informatica. Ik vergeleek bijvoorbeeld de pygmy hogs uit het fokprogramma met die uit het wild om te zien of ze genetisch ongeveer gelijk waren. Ook keek ik naar de mate van inteelt: dat is iets wat je eigenlijk gewoon kan 'zien' in het DNA!